北京大学创立于1898年，初名京师大学堂，是中国第一所国立大学，也是中国在近代史上正式设立的第一所大学，其成立标志着中国近代高等教育的开端。北大以中国最高学府的身份创立，最初也是当时的中国最高教育行政机关，身兼中国最高学府与国家教育部的双重职能。北大传承着中华数千年来国家最高学府——“太学”的学统，是中国古代最高学府在现代的延续，自建校以来一直享有崇高的名声和地位，可谓“上承太学正统，下立大学祖庭”。辛亥革命后（1912年），京师大学堂更名为“北京大学”。

北京大学是目前中国综合实力最强的大学，理科、文科、社会科学、新型工科和医学学科都是它的强项。在2006英国泰晤士报高等教育增刊(THES)的世界大学排名里，北京大学位列世界第十四位，也是亚洲排名最高的大学。

作为新文化运动的中心和五四运动的发祥地，作为中国最早的马克思主义和民主科学思想的源头之一，也作为中国共产党最早的活动根据地之一，北京大学为民族的振兴和解放、国家的建设和发展、社会的文明和进步做出了不可替代的贡献，在中国走向现代化的进程中起到了重要的先锋作用。爱国、进步、民主、科学的传统精神和勤奋、严谨、求实、创新的学风在这里生生不息、代代相传。

1917年，著名教育和民主主义革命家蔡元培出任北京大学校长，他“循思想自由原则、取兼容并包之义”，对北京大学进行了思想解放和学术繁荣，北京大学从此日新月异。陈独秀、李大钊、毛泽东以及鲁迅、胡适等一批杰出人才都曾在北京大学任职或任教。

1927－1929年间，北京大学处于动荡之中，并遭到严重摧残。奉系军阀攫取北京政权后，于1927年悍然宣布取消北大，与北平其他八所国立大学合并为京师大学校。1928年南京国民政府先将其改为中华大学，复改为北平大学，复改为国立北平大学北大学院。1929年北京大学宣布自行复校，国民政府于8月6日将北大学院改为国立北京大学。1930年，曾三度代理北大校长的蒋梦麟开始执掌北大，他提出“教授治学，学生求学，职员治事，校长治校”的十六字方针，对学校工作进行了全面整顿。设文、理、法三学院，下设14个学系；实行教授专任制，聘请了一批知名教授，特别是理学院延揽了一大批一流科学家。使北大理科得到较快发展；制定《国立北京大学组织大纲》，明确办学宗旨为“研究高深学问，养成专门人才，陶融健全品格”，并按照美国的大学教育制度，对旧的教学和科学研究制度进行了大刀阔斧的改革：推行学分制，要求毕业生撰写论文并授予学位，正式设立研究院，推进高等教育的正规化。蒋梦麟还多方筹集资金，1931年北京大学与中华教育文化基金会设立合作研究特款。1934年北大动工兴建新的图书馆；理科各系设施得到相当的改善，到1935年，北大已建成实验室40多个，实验仪器6716件，标本15788种，药品及实习用具3100多件，设备条件居于全国高校前列。以地质系为例，在李四光的主持下，修建了新的地质馆，建立了矿物室、古生物等实验室，开辟了地质陈列室和研究室，延续并发展了北大地质系的传统优势。蒋梦麟掌校期间，正是民族危亡内忧外患之时，而经过亡校风波的北大却在教学与科研水平稳步上升，蒋梦麟这位中国现代杰出的教育家功不可没。

1937年卢沟桥事变后，北京大学与清华大学、南开大学南迁长沙，共同组成长沙临时大学。1938年初，临时大学迁往昆明，改称国立西南联合大学。西南联大汇聚三校菁华，以刚毅坚卓精神，维系中华教育命脉。抗战胜利后，北京大学返回北京沙滩，于1946年10月正式复学。

中华人民共和国成立后，全国高校于1952年进行院系调整，北京大学成为一所以文理基础教学和研究为主的综合性大学，为国家培养了大批人才。据不完全统计，北京大学的校友和教师有近400位两院院士，中国人文社科界有影响的人士相当多也出自北京大学，并且产生了一批重大研究成果。

改革开放以来，北京大学进入了一个前所未有的大发展、大建设的新时期，并成为国家“211工程”重点建设的两所大学之一。

1998年5月4日，北京大学百年校庆之际，国家主席江泽民题词：“发扬北京大学爱国进步民主科学的优良传统，为振兴中华做出更大贡献”，并在庆祝北京大学建校一百周年大会上发表讲话，发出了“为了实现现代化，我国要有若干所具有世界先进水平的一流大学”的号召。在国家的支持下，北京大学适时启动“创建世界一流大学计划”，从此，北京大学的历史又翻开了新的一页。

2000年4月3日，北京大学与原北京医科大学合并，组建了新的北京大学。原北京医科大学的前身是国立北京医学专科学校，创建于1912年10月26日。二十世纪三、四十年代，学校一度名为北平大学医学院，并于1946年7月并入北京大学。1952年在全国高校院系调整中，北京大学医学院脱离北京大学，独立为北京医学院。1985年成为国家首批“211工程”重点支持的医科大学。

现任校党委书记闵维方教授、校长许智宏院士。